Ypäjän seurakunnan juuret ovat niin kaukana, että niitä ei tunneta. Pieni kirkko lienee ollut Loimijoen rannalla kirkon mäellämme jo 1300-luvun alussa. Sen nimi oli ”St Bertils Capel” eli Pyhän Pertun kappeli.

Noin 1500-luvun alussa seurakunta joutui Tammelan kivikirkkokunnan kappeliksi, joka koostui Perttulan, Kartanon, Varsanojan, Viloilan, Somiskalan, Levän ja Palikkalan kylistä. Tammelan alaisuudesta Perttulan kappeli itsenäistyi 31.5.1892 Ypäjän seurakunnaksi – uusi nimi saatiin rautatieaseman nimestä.

Vuonna 1911 seurakuntaan liitettiin Loimaaseen kuuluneet Ypäjänkylä ja Manninen. Seurakunnan pinta-ala oli tällöin 184,5 km² ja jäseniä oli noin 3800.

Tammelan seurakunnan aikana Perttula kuului Portaan pitäjän Jokioisten Neljännekseen. Silloinen kirkkomme rakennettiin noin 1550-luvulla hirsistä ristikirkon muotoon. Se purettiin ja rakennettiin uudelleen vuosina 1676 ja 1798 sekä hävitettiin lopullisesti vuonna 1901.

Erityistä Ypäjän seurakunnalle on se, että siitä tuli 1800-luvun lopulla ns. vanhan evankelisuuden keskuspitäjä. Vanha kirkko jäi aivan liian pieneksi. Uuden kansallisromanttisen jugend-tyylisuunnan mukainen nykyinen kirkko rakennettiin toukokuusta 1901 marraskuuhun 1902 välisenä aikana vanhan kirkontontin viereen. Kirkon ovat suunnitelleet arkkitehdit Henrik Helin ja Aleksander Nyström.

Nykyinen kirkko on 800 paikkainen, 28,4 metriä pitkä, 17,4 metriä leveä ja kirkkosalin kohdalta 7,2 metriä korkea. Kellotorni ulottuu 23,5 metrin korkeuteen. Erikoisuutena on peltikatto ja sementtilattia sekä alttarin ja urkuparven sijoitus länsipäätyyn. Parvelle rakennettiin Zachariassonin 10-äänikertaiset pneumaattiset urut. Kesällä 1939 kirkkoa korjattiin ja sen ulkonäkö muuttui huomattavasti funkkistyylin suuntaan. Urkuparvi siirrettiin taakse ja rakennettiin Kangasalan 18 + 3 -äänikertaiset urut.

Vuosina 1997-1998 kirkkoa korjattiin jälleen ja alkuperäistä ulkonäköä palautettiin takaisin pitsi-ikkunoiden ja vaaleiden värien avulla. Katosta, alttarin yläpuolelta, löytyy valoin tehty tähtitaivas.

Kirkon alttari